1999 yılında düzenlenen iddianamelerle yargılanan 11 sanıklı ve 2005 tarihli iddianameyle yargılanan 5 sanıklı davaların 2010 yılında birleşmesiyle, süren dava JİTEM Ana Davası* olarak anılmaya başlandı. Gazeteci yazar Musa Anter’in 20 Eylül 1992’de öldürülmesiyle ilgili, eski JİTEM tetikçisi Abdülkadir Aygan’ın fail olarak işaret ettiği Hamit Yıldırım 29 Haziran 2012’de gözaltına alındı. Yıldırım’ın 2 Temmuz 2012’de tutuklanmasıyla dava zamanaşımından kurtuldu. Başlatılan soruşturma sonucu hazırlanan 25 Haziran 2013 tarihli iddianame 5 Temmuz 2013’te Diyarbakır 7. ACM tarafından kabul edildi.

2014 yılında Musa Anter Davası’nın, JİTEM Ana Davası’yla birleştirilmesi talebi, davanın sürdüğü Diyarbakır 1. ACM tarafından kabul edildi. 2015 yılında Musa Anter Davası “güvenlik gerekçesiyle” Ankara’ya nakledildi. Ankara 6. ACM birleştirme kararına itiraz etti. Ankara 6. ACM’nin itirazını değerlendiren Yargıtay 5. Ceza Dairesi’nin 29 Ocak 2016 tarihli kararıyla iki davanın birleşmesi kesinleşti.27 Eylül 2017 tarihli son duruşmada tanıklar Mehmet Sinanoğlu, Nevin Soyukaya ve Turgut Atalay SEGBİS aracılığıyla ifade verdi. Katılan avukatları 28 Haziran 2017’de 5 yıllık tutukluluk süresi dolduğu gerekçesiyle tahliye edilen Hamit Yıldırım’ın 694 sayılı KHK’nin 141. Maddesi gereği tekrar tutuklanmasını talep etti. Yıldırım’ın tutuklama talebini reddeden mahkeme heyeti, sanık avukatlarının, adli kontrolün kaldırılması ya da daraltılması talebini de reddederek, adli kontrol önlemlerinin aynı şekilde devamına karar verdi. Bir sonraki duruşma 20 Aralık 2017 günü saat 10:00’da gerçekleşecek.