1999 yılında düzenlenen iddianamelerle yargılanan 11 sanıklı ve 2005 tarihli iddianameyle yargılanan 5 sanıklı davaların 2010 yılında birleşmesiyle, süren dava JİTEM Ana Davası* olarak anılmaya başlandı. Gazeteci yazar Musa Anter’in 20 Eylül 1992’de öldürülmesiyle ilgili, eski JİTEM tetikçisi Abdülkadir Aygan’ın fail olarak işaret ettiği Hamit Yıldırım 29 Haziran 2012’de gözaltına alındı. Yıldırım’ın 2 Temmuz 2012’de tutuklanmasıyla dava zamanaşımından kurtuldu. Başlatılan soruşturma sonucu hazırlanan 25 Haziran 2013 tarihli iddianame 5 Temmuz 2013’te Diyarbakır 7. ACM tarafından kabul edildi.

2014 yılında Musa Anter Davası’nın, JİTEM Ana Davası’yla birleştirilmesi talebi, davanın sürdüğü Diyarbakır 1. ACM tarafından kabul edildi. 2015 yılında Musa Anter Davası “güvenlik gerekçesiyle” Ankara’ya nakledildi. Ankara 6. ACM birleştirme kararına itiraz etti. Ankara 6. ACM’nin itirazını değerlendiren Yargıtay 5. Ceza Dairesi’nin 29 Ocak 2016 tarihli kararıyla iki davanın birleşmesi kesinleşti.

4 Nisan 2018 tarihli son duruşmada katılan avukatlarından Av. Selim Okçuoğlu,  katıldığı bir televizyon programında dava sanıklarından Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım’ın yaşadığını iddia eden Genelkurmay İstihbarat Dairesi Eski Başkanı İsmail Hakkı Pekin’in tanık olarak dinlenmesini talep etti. Bu talebin celse arasında değerlendirilmesine karar verilirken, beş yıllık tutukluluk süresinin dolduğu gerekçesiyle tahliye edilen sanık Hamit Yıldırım’ın da duruşmalardan vareste tutulması talebi kabul edildi. Bir sonraki duruşma 11 Temmuz 2018 günü, 10:00’a ertelendi.