1999 yılında düzenlenen iddianamelerle yargılanan 11 sanıklı ve 2005 tarihli iddianameyle yargılanan 5 sanıklı davaların 2010 yılında birleşmesiyle, süren dava JİTEM Ana Davası* olarak anılmaya başlandı. Gazeteci yazar Musa Anter’in 20 Eylül 1992’de öldürülmesiyle ilgili, eski JİTEM tetikçisi Abdülkadir Aygan’ın fail olarak işaret ettiği Hamit Yıldırım 29 Haziran 2012’de gözaltına alındı. Yıldırım’ın 2 Temmuz 2012’de tutuklanmasıyla dava zamanaşımından kurtuldu. Başlatılan soruşturma sonucu hazırlanan 25 Haziran 2013 tarihli iddianame 5 Temmuz 2013’te Diyarbakır 7. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi.

2014 yılında Musa Anter Davası’nın, JİTEM Ana Davası’yla birleştirilmesi talebi, davanın sürdüğü Diyarbakır 1. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. 2015 yılında Musa Anter Davası “güvenlik gerekçesiyle” Ankara’ya nakledildi. Ankara 6. Ağır Ceza Mahkemesi birleştirme kararına itiraz etti. Ankara 6. Ağır Ceza Mahkemesi’nin itirazını değerlendiren Yargıtay 5. Ceza Dairesi’nin 29 Ocak 2016 tarihli kararıyla iki davanın birleşmesi kesinleşti.

11 Temmuz 2018 tarihli son duruşmada, bir önceki celse değerlendirileceği kararlaştırılan Genelkurmay Eski İstihbarat Daire Başkanı emekli Korgeneral İsmail Hakkı Pekin’in tanıklığına ilişkin Anter ailesinin avukatı Selim Okçuoğlu’nun yeniden dile getirdiği talep kabul edilerek Pekin’in tanıklık işlemlerinin başlatılmasına karar verildi. Pekin, katıldığı televizyon programında Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım’ın yaşadığını iddia etmişti. Bir sonraki duruşma 14 Kasım 2018 günü saat 09:30’a ertelendi.