1999 yılında düzenlenen iddianamelerle yargılanan 11 sanıklı ve 2005 tarihli iddianameyle yargılanan 5 sanıklı davaların 2010 yılında birleştirilmesiyle süren dava JİTEM Ana Davası olarak anılmaya başlandı. Gazeteci-yazar Musa Anter’in 20 Eylül 1992’de öldürülmesiyle ilgili, eski JİTEM tetikçisi Abdülkadir Aygan’ın fail olarak işaret ettiği Hamit Yıldırım 29 Haziran 2012’de gözaltına alındı. Yıldırım’ın 2 Temmuz 2012’de tutuklanmasıyla dava zamanaşımından kurtuldu. Başlatılan soruşturma sonucu hazırlanan 25 Temmuz 2013’te Diyarbakır 7. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. 2014 yılında Musa Anter Davası’nın JİTEM Ana Davası’yla birleştirilmesi talebi, davanın sürdüğü Diyarbakır 1. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. 2015 yılında Musa Anter Davası “güvenlik gerekçesiyle” Ankara’ya nakledildi. Ankara 6. Ağır Ceza Mahkemesi birleştirme kararına itiraz etti. Bu itirazı değerlendiren Yargıtay 5. Ceza Dairesi’nin 29 Ocak 2016 tarihli kararıyla iki davanın birleştirilmesi kesinleşti. 3 Temmuz 2019 tarihinde görülen son duruşmada 1994’te zorla kaybedilen Ayten Öztürk’e ilişkin Elazığ 1. Ağır Ceza Mahkemesi’nde görülen dosya Musa Anter ve JİTEM Ana Davası ile birleştirildi. Musa Anter ve JİTEM Ana Davası’nın bir sonraki duruşması 25 Eylül 2019 günü saat 14:00′te görülecek.