1999 yılında düzenlenen iddianamelerle yargılanan 11 sanıklı ve 2005 tarihli iddianameyle yargılanan 5 sanıklı davaların 2010 yılında birleşmesiyle, süren dava JİTEM Ana Davası olarak anılmaya başlandı. Gazeteci yazar Musa Anter’in 20 Eylül 1992’de öldürülmesiyle ilgili, eski JİTEM tetikçisi Abdülkadir Aygan’ın fail olarak işaret ettiği Hamit Yıldırım 29 Haziran 2012’de gözaltına alındı. Yıldırım’ın 2 Temmuz 2012’de tutuklanmasıyla dava zamanaşımından kurtuldu. Başlatılan soruşturma sonucu hazırlanan 25 Haziran 2013 tarihli iddianame 5 Temmuz 2013’te Diyarbakır 7. ACM tarafından kabul edildi. 2014 yılında Musa Anter Davası’nın, JİTEM Ana Davası’yla birleştirilmesi talebi, davanın sürdüğü Diyarbakır 1. ACM tarafından kabul edildi. 2015 yılında Musa Anter Davası “güvenlik gerekçesiyle” Ankara’ya nakledildi. Ankara 6. ACM birleştirme kararına itiraz etti. Ankara 6. ACM’nin itirazını değerlendiren Yargıtay 5. Ceza Dairesi’nin 29 Ocak 2016 tarihli kararıyla iki davanın birleşmesi kesinleşti. 14 Mart 2016 tarihli duruşmada MİT Kontrterör Dairesi eski Başkanı Mehmet Eymür ve dönemin Ankara Emniyet Müdürü Orhan Taşanlar tanık olarak dinlendi. Mahkeme, bir sonraki duruşmada emekli Jandarma Tuğgeneral Veli Küçük ve dönemin Emniyet İstihbarat Daire Başkanı Hüseyin Özbilgin’in tanık olarak dinlenmesine karar verdi; hem sanık hem müşteki avukatlarının, dosyaların ayrı ayrı görülmesi talebini reddetti. 25 Nisan 2016 tarihli bir sonraki duruşmada tanık olarak dinlenmesi beklenen Veli Küçük mazeret bildirerek gelmedi, duruşmada hazır bulunan Hüseyin Özbilgin tanık olarak ifade verdi. Musa Anter cinayeti olayında yaralanan Orhan Miroğlu da avukatlarıyla duruşmaya katıldı. Tanık olması beklenen Veli Küçük 20 Haziran 2016 tarihli duruşmaya da katılmadı. Ara celsede avukatlarının Küçük’ün SEGBİS’le dinlenmesi için dilekçe verdikleri öğrenildi. Anter ailesi avukatlarının, Eski OHAL Valisi Ünal Erkan, Milletvekili Sinan Yerlikaya ve Eski İçişleri Bakanı Meral Akşener’in dinlenmesi talepleri reddedildi. Veli Küçük’ün SEGBİS’le dinlenmesi için adresinin bulunduğu yer mahkemesine tebligat yazılmasına; Ankara JİTEM dosyasına MİT’ten gönderilen belgelerin bir suretinin Ankara 1. ACM’den istenerek incelenmesine ve sanık Hamit Yıldırım’ın tutukluluğunun devamına karar verilerek bir sonraki duruşma 26 Eylül 2016 tarihine ertelendi.