1999 yılında düzenlenen iddianamelerle yargılanan 11 sanıklı ve 2005 tarihli iddianameyle yargılanan 5 sanıklı davaların 2010 yılında birleşmesiyle, süren dava JİTEM Ana Davası* olarak anılmaya başlandı. Gazeteci yazar Musa Anter’in 20 Eylül 1992’de öldürülmesiyle ilgili, eski JİTEM tetikçisi Abdülkadir Aygan’ın fail olarak işaret ettiği Hamit Yıldırım 29 Haziran 2012’de gözaltına alındı. Yıldırım’ın 2 Temmuz 2012’de tutuklanmasıyla dava zamanaşımından kurtuldu. Başlatılan soruşturma sonucu hazırlanan 25 Haziran 2013 tarihli iddianame 5 Temmuz 2013’te Diyarbakır 7. ACM tarafından kabul edildi.

2014 yılında Musa Anter Davası’nın, JİTEM Ana Davası’yla birleştirilmesi talebi, davanın sürdüğü Diyarbakır 1. ACM tarafından kabul edildi. 2015 yılında Musa Anter Davası “güvenlik gerekçesiyle” Ankara’ya nakledildi. Ankara 6. ACM birleştirme kararına itiraz etti. Ankara 6. ACM’nin itirazını değerlendiren Yargıtay 5. Ceza Dairesi’nin 29 Ocak 2016 tarihli kararıyla iki davanın birleşmesi kesinleşti.

14 Mart 2016 tarihli duruşmada MİT Kontrterör Dairesi eski Başkanı Mehmet Eymür ve dönemin Ankara Emniyet Müdürü Orhan Taşanlar tanık olarak dinlendi. Mahkeme, bir sonraki duruşmada emekli Jandarma Tuğgeneral Veli Küçük ve dönemin Emniyet İstihbarat Daire Başkanı Hüseyin Özbilgin’in tanık olarak dinlenmesine karar verdi; hem sanık hem müşteki avukatlarının, dosyaların ayrı ayrı görülmesi talebini reddetti.

25 Nisan 2016 tarihli bir sonraki duruşmada tanık olarak dinlenmesi beklenen Veli Küçük mazeret bildirerek gelmedi, duruşmada hazır bulunan Hüseyin Özbilgin tanık olarak ifade verdi. Musa Anter cinayeti olayında yaralanan Orhan Miroğlu da avukatlarıyla duruşmaya katıldı.

Tanık olması beklenen Veli Küçük 20 Haziran 2016 tarihli duruşmaya da katılmadı. Ara celsede avukatlarının Küçük’ün SEGBİS’le dinlenmesi için dilekçe verdikleri öğrenildi. Anter ailesi avukatlarının, Eski OHAL Valisi Ünal Erkan, Milletvekili Sinan Yerlikaya ve Eski İçişleri Bakanı Meral Akşener’in dinlenmesi talepleri reddedildi. Veli Küçük’ün SEGBİS’le dinlenmesi için adresinin bulunduğu yer mahkemesine tebligat yazılmasına; Ankara JİTEM dosyasına MİT’ten gönderilen belgelerin bir suretinin Ankara 1. ACM’den istenerek incelenmesine ve sanık Hamit Yıldırım’ın tutukluluğunun devamına karar verildi.

Duruşma öncesi, 22 Eylül 2016 tarihinde Diyarbakır 3. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından Nevin Soyukaya ve Samet Aydın’ın tanık olarak ifadeleri alındı. Veli Küçük ise 26 Eylül 2016 tarihli duruşmaya SEGBİS yöntemiyle katılarak ifade verdi. İsveç’te yaşayan sanık Abdülkadir Aygan SEGBİS yöntemiyle ifade vermeye rıza göstermediği için ifadesinin İsveç’te alınacağı kesinleşti. Tarafların ifade işlemi esnasında hazır bulunması için Adalet Bakanlığı’na yazı yazılmasına karar verildi.

28 Aralık 2016 tarihli duruşmada JİTEM sanıklarından itirafçı Ali Ozansoy (Ahmet Turan Altaylı) ifade verdi. Abdülkadir Aygan’ın röportajının yer aldığı video izlenerek kayıt altına alındı. İki duruşma arasında İstanbul’da ifadesi alınan eski JİTEM Grup Komutanı Cahit Aydın’ın bir sonraki duruşmada tanık olarak tekrar dinlenmesine karar verildi.

14 Mart 2017 tarihli duruşmada Aziz Aksu tanık olarak dinlendi. Bu duruşma tanık olarak dinlenmesi beklenen Cahit Aydın’ın “sataşmalara maruz kaldığı ve güvenlik anlamında kendini sıkıntıda hissettiği” gerekçesiyle SEGBİS aracılığıyla dinlenmesi talebi kabul edildi. Katılan avukatlarından Av. Selim Okçuoğlu geçen celsedeki ara kararların uygulanmaması durumuna dikkat çekti. Okçuoğlu’nun talebi üzerine Ahmet Cem Ersever’in Musa Anter’in öldürüldüğü tarihte ve öncesindeki görevi, Diyarbakır’dan ne zaman ayrıldığı gibi konuların Jandarma Genel Komutanlığı’na sorulmasına karar verildi.

7 Haziran 2017 tarihli son duruşmada dönemin Diyarbakır Jandarma İstihbarat Başkanı ve o dönem Özgür Gündem gazetesinde çalışan eski AKP Milletvekili Muhsin Kızılkaya tanık olarak dinlendi. Abdülkadir Aygan’ın ifadesinin alınmasına ilişkin Adalet Bakanlığı Uluslararası Hukuk ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğü’nden gelen yazı gereği  tarafların sanığa sorulmasını istediği soruları hazırlayarak mahkemeye sunmalarına, İsveç devleti tarafından belirlenecek tarihin dosya taraflarına tebliğ edilmesine karar verildi. Bir sonraki duruşma 27 Eylül 2017 saat 09:45‘e ertelendi.