Ergenekon davaları, iddia olunan Ergenekon örgütü kapsamında açılan davalardır. 27 Nisan 2012’de İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi yürüttüğü birinci ve ikinci Ergenekon davalarını birleştirmiştir. Bu iki ana davanın birleşmesiyle toplam 16 iddianame tek dosyada toplanmış oldu.

Malatya’daki Zirve Yayınevi’nin çalışanları Tilman Ekkehart Geske, Necati Aydın ve Uğur Yüksel “misyonerlik faaliyetleri” yaptıkları gerekçesiyle 18 Nisan 2007 tarihinde öldürüldü. Malatya Cumhuriyet Başsavcılığının 05.10.2007 tarih 2007/112 sor-2007/109 esas ve 2007/75 sayılı iddianamesinin kabulü ile 7 şüpheli hakkında Malatya 3. Ağır Ceza Mahkemesi’nin 2007/125 esas sayılı dosyasıyla dava açıldı.

Rıdda Yavuz 15 Ağustos 1992 yılında Mardin’in Derik ilçesinde katıldığı bir mitingde güvenlik güçlerinin ateş açması sonucu yaralanarak iki kişiyle birlikte gözaltına alındı ve kendisinden bir daha haber alınamadı. Bu dava, binlerce faili meçhulden birinin araştırılması sonucu ortaya çıktı. Davanın açılması da yine özverili avukatlar ve insan hakları savunucuları sayesinde gerçekleşti.

5271 sayılı Ceza Muhakemesi Kanunu’nun 3. Yargı Paketi dâhilinde Temmuz 2012’de kaldırılan 250. Maddesi ile özel görevli ve yetkili Ankara Cumhuriyet Başsavcılığının şüpheliler Ali Tahsin Şahinkaya ve Ahmet Kenan Evren’e Türkiye Büyük Millet Meclisi’ni ortadan kaldırmaya veya görevini yapmasına engel olmaya cebren teşebbüs etmek suçu isnat edilmiştir.

Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı 14.07.2009 tarihli ve 2009/906-1040-972 soruşturma, esas ve iddianame numarası ile Jandarma Kıdemli Albay Cemal Temizöz ve Diğerleri hakkında “cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak ve bu teşekküle katılarak mensubu olmak, adam öldürmeye azmettirmek ve adam öldürmek” suçlarından 1993-1995 yılları arasında yirmi sivilin öldürülmesi suçlarından iddianame düzenledi ve sanıklar hakkında dava açıldı.